Dan, Marucho ve Shun Bakugan savaşçıları direnişinden Vestal ve Vexus’larla savaştıktan sonra ayrılırlar. Artık önlerinde birbirinden değişik maçlar ve farklı karakterde insanlar vardır. 2. sezonun son bölümü Bang, Bang, Bang ismindeki Bakugan şarkısıyla kapanır. Bakugan oyunları ve macerasının 3. sezonu olan ‘Bakugan Gundalian İnvaders’ 23 Mayıs Teletoon, 29 Mayısta ise Cartoon Network’te 39 bölümüyle yayına başlamıştır.

Karakterler:

• Dan Kuso: 3. sezonun en sağlam Bakugan oyuncusudur. Evrim geçiren Bakuganı Pyrus Helix Dragonoid, Lumino Dragonoid’e dönüşmüştür.

• Shun Kazami: Bakugan İnterspace’nin en güçlü oyuncularından biridir. Bu sezon aşık olduğu Fabia ile ninja hareketleri üzerinde çalışmaktadır. Sahip olduğu Bakugan, Ventus Hawktor’dur.
• Fabia: 3. Sezonda Shun’in aşık olduğu genç kız hem kişisel hem de fiziksel olarak ona benzemektedir. Tıpkı Shun gibi o da bir ninjadır. Sahip olduğu Bakugan, Haos Aranaut. Neathenia kraliçesinin kızı olan Fabia, Shun’a aşıktır.
• Marucho Marukura: İnterspace’i yaratan kişidir. Sahip olduğu Bakugan, Aquos Akwimos.
• Ren: Gundalian’lardan olan Ren, Bakugan savaşçılarının karşısına birden çıkar. Shun herzaman olduğu gibi ondan şüphelenir ve ilerleyen bölümlerde de bir ajan olduğu ortaya çıkmaktadır. Sahip olduğu Bakugan, Darkus Linehalt.
• Jake: Bakugan savaşçılarına yeni katılmıştır. Sahip olduğu Bakugan, Subterre Coredem.